Años después, Angelici revelaría que Riquelme anunció unos días antes de la segunda final su marcha, y sumado a la venta de Roncaglia, la noticia pudo haber impactado al equipo y su rendimiento en el partido, aunque la situación jamás fue aclarada por ningún jugador. Durante el Torneo Clausura se destaca la declaración de Riquelme, que venía siendo criticado constantemente por su bajo rendimiento y lesiones, a que era el «único que jugaba gratis». Por haber recibido su quinta amonestación, Riquelme no pudo jugar en la última fecha del triangular, que consagró a Boca como campeón del torneo pese a la derrota por 1 a 0 ante Tigre, por contar con mejor diferencia de gol que su rival. En diciembre de 2008 Riquelme logró coronarse con Boca como campeón del Torneo Apertura, tras una cerrada puja en las últimas fechas tras la cual emergieron tres equipos con treinta y nueve puntos, Boca, C. A. Tigre y San Lorenzo de Almagro. Su primer partido oficial en esta vuelta fue en un empate 1 a 1 contra Rosario Central por el Torneo Clausura 2008. Se pudo ver a un Riquelme retrasado en el campo y ordenando el avance hacia el arco rival desde el centro y con menos velocidad, aunque con la técnica intacta.

En primera mitad de año fueron eliminados en octavos de final de la Copa Libertadores y quedaron lejos en la disputa del torneo, provocando la renuncia de Carlos Ischia y el retorno de Alfio Basile a la conducción técnica. A comienzos del 2010 renunció Basile tras malos resultados en el verano. Finalmente, el 6 de agosto de 2010 Riquelme firmó su nuevo contrato. El 12 de abril, por la fecha 14 del Torneo Clausura, Boca ganaría 4 a 0 a Arsenal F. C., con un gol de Riquelme y dos de Martín Palermo, quien ese día se convertiría en el máximo goleador histórico de Boca. Desde su llegada al fútbol mexicano en 2015, ha recibido numerosos reconocimientos; entre ellos un Balón de Oro al mejor jugador de la liga, tres campeonatos de goleo, ser nombrado en dos ocasiones el mejor delantero de la Liga MX, mejor delantero de la Concacaf, máximo goleador y mejor jugador de la Liga de Campeones de la Concacaf, máximo goleador y Balón de Plata de la Copa Mundial de Clubes de la FIFA, y el estar incluido en el Once Ideal de la liga en cinco ocasiones. En total Gignac marcó 34 goles en la Ligue 1 para el Toulouse, permaneciendo como el máximo anotador del club en la liga en el siglo XXI hasta septiembre de 2014, camiseta juventus cuando su récord fue superado por Wissam Ben Yedder.

El 4 de noviembre de 2006, marcó el gol de la victoria como visitante en contra de Marsella y, en diciembre, anotó goles en partidos contra Sedan y el Auxerre. Se perdió el primer partido debido a una lesión, pero estuvo en forma para hacer su debut internacional el 1 de abril de 2009 contra Lituania al entrar de cambio en el minuto 69′, dando una asistencia providencial para que Franck Ribéry marcase el único gol del encuentro, consiguiendo la victoria. Tras arduas negociaciones, el club de La Ribera decidió abonar al Villarreal la suma de quince millones de dólares por el pase (mientras que el Villarreal pagó por año aproximadamente tres millones de euros su sueldo), en todo concepto, siendo así la suma más alta pagada por un club argentino por un jugador en toda la historia. El Apertura 2010 comenzó con una alta expectativa, pero el club terminó quedando fuera de la pelea por el campeonato rápidamente, llegando a perder el clásico con River. A comienzos de 1997, Pekerman lo convocó a la selección argentina sub-20 con motivo del Campeonato Sudamericano Sub-20 realizado en Chile.

En semifinales Boca regresó a Chile para ganarle a la U de Sampaoli, llegando a una nueva final de Libertadores tras cuatro años de ausencia. En los octavos de final ante la Unión Española de Chile Román dominó la serie, anotando en la ida y en la vuelta, además de dos notables asistencias en los goles. Gignac comenzó la temporada con dos goles en un empate a 3-3 contra Bastia el 9 de agosto de 2014, siendo el primero el primer gol con el nuevo técnico Marcelo Bielsa y el otro por la vía penal. En semifinales se enfrentaron al América, al cual derrotaron 4-0 en el marcador global con un gol de Gignac de penal en el juego de vuelta. En esta temporada los hombres dirigidos por Menotti lograron incluso un abultado marcador ante Racing Club, equipo al que le endosaron nada menos que un 5 a 0; ganando, goleando y gustando.